オーソログ推定プログラムのOrthoFinderですが、便利なことにオーソログ推定の結果予測されたシングルコピー遺伝子の情報を個別に抽出してディレクトリにまとめてくれます。 シングルコピー遺伝子の系統樹は種の系統関係を反映している可能性が高いと考えら…

全自動でシングルコピー遺伝子の連結系統樹推定(OrthoFinder, MAFFT, trimAL, IQ-TREE)

※ネタバレが多少ありますのでご注意ください 画像クリックでAmazonへとびます 作者：雪尾ゆき 巻数：全1巻 初版：2019年 タグ：GL、コメディ、学園モノ 概要 主人公は「熊沢恋子」、憧れの生徒会長「鶴田ひとみ」との妄想をノートに書き綴るのが趣味な変態大…

「へんたいよくできました」百合漫画レビュー

Pythonスクリプト内で外部プログラムを呼び出して解析を実行することが多々あるのですが、プログラムの中には出力先を指定するオプションがなくカレントディレクトリに結果を出力することを想定しているものがあります。 条件が一つだけの場合はそれで良いの…

Pythonでディレクトリを一時的に移動して元のディレクトリに戻る

キーボードからさっと簡単に呼び出せるドロップダウン型のターミナルGuakeを愛用していたのですが、Ubuntu 18.04 LTSにしてから、exitで端末を閉じようとするとフリーズするようになってしまいました。 まぁ、Guakeの特性上基本的に端末は開きっぱなしでOKな…

Guakeがexitでフリーズするので解決策と代替アプリを探した件

pythonでディレクトリ(フォルダ)下のファイルを一括で変更して通し番号を振るスクリプトを作ったので備忘録を兼ねてまとめます。 Windowsでも動くような気はしますが、テストした環境はUbuntu 18.04 LTSです。 目標 スクリプト 目標 以下のような構成のフォ…

Pythonでディレクトリ下のファイルを再帰的にリネームして通し番号を振る

※この記事は１巻発売時に作成したものです。ネタバレが多少ありますのでご注意ください。 画像クリックでAmazonへとびます 作者：竹宮ジン 巻数：１巻(2019/02/12現在) 初版：2019年 タグ：GL、年の差、JK✕社会人 概要 感想 概要 デザイナーとして在宅でバリ…

「いとしこいし」百合漫画レビュー

複数のNewick形式の系統樹から樹形が同じものを抽出する必要に駆られたので備忘録を兼ねたまとめです。 当たり前ですが、 ((A,B),(C,D)); ((C,D),(A,B)); の2つのNewick形式は同じ樹形を表しており、 ((A,B),(C,D)) ((A,C),(B,D)); の2つのNewick形式は異な…

Newick形式で系統樹の樹形が同じか確かめる