ほぼ中立ブログ

少しだけ趣味に偏った雑記ブログ

Windows10を高速化する3つの方法

どうにもパソコンの動作がモッサリとしていたので軽くする方法を調べてみました。 こうした試みは徒労に終わる傾向が強いような印象があったのですが、珍しく満足するレベルで高速化できましたので備忘録を兼ねてまとめます。 割と釣りタイトルな気がします…

CUIファイルマネージャrangerの設定ファイルについて

rangerはターミナルから起動できるvimライクなキーバインドで操作できるCUIのファイラーです。 ターミナル内で使えるファイラーは他にも試したのですが操作が良く分からず、デフォルトの状態でも十分使いやすいrangerに落ち着きました。全てとは言いませんが…

ブログが月間3000PVを突破したので一応分析してみる

あまりブログの運営に関する記事は作らずに淡々と続けていこうかなと思っていたんですが、やっぱり嬉しかったですしまあ良いかなーってことでダラダラと書き綴ってみます。 ブログ4ヶ月目にしてついに、1ヶ月のPVが3000を超えましたー。いやー、こんなにたく…

BiopythonによるオンラインのBLAST実行

Biopythonを使って、与えられたFASTAファイルの配列データをクエリーとしてオンラインのBLASTを実行するスクリプトを作成したので、備忘録を兼ねてまとめます。 公式のチュートリアルを参考に作りましたので詳しくはそちらをご覧ください。 コード 補足 その…

BiopythonでFASTA形式をPhylip形式に変換する

解析に使うプログラムの中には、FASTA形式の配列ファイルではなくPhylip形式のものを要求するものがあります。今回はそのような事情でFASTA形式のデータをPhylip形式に変換する、ちょっとしたスクリプトを書いたので備忘録を兼ねてまとめます。 Phylip形式に…

ループカウンタに小数を使ったらハマった(Python)

入門書で読んだきり忘れていた問題に、この度出くわしたので備忘録を兼ねてまとめておこうと思います。 以下のようなPythonのコードを書いていました。 start, end, delta = 0.1, 0.3, 0.1 i = start while i <= end: i += delta print(i) 自分としては3回値…

Biopythonで入力ファイルがFASTA形式か調べる

与えられた配列ファイルをプログラムで処理する際に、ファイルのフォーマットを調べておきたいという場合がたまにあります。拡張子で識別するのが簡単で手っ取り早いですが、FASTAファイルのようによく使われる拡張子が複数種類あるものだと、識別が若干面倒…