ほぼ中立ブログ

少しだけ百合に偏った雑記ブログ

OrthoFinderでFastTreeを使おうとしたらエラーが出た

【スポンサーリンク】

オーソログ推定プログラム「OrthoFinder」は、推定したオーソロググループ配列を使用してそのまま系統樹作成まで行うことができます。詳しくはGithubのページに詳しい説明がありますのでご覧ください。

試しにFastTreeを使って系統樹作成まで行おうとしたところ、インストールしていなかったのでエラーが出てしまいました。間が抜けてますね

UbuntuならFastTreeはaptで簡単にインストールできます。

sudo apt install fasttree

これで大丈夫だろうと思い、再び同じ解析を実行したところまた同じエラーメッセージが出ました。

ERROR: Cannot run FastTree

不思議に思ってよく見てみると、FastTreeが実行できないと言っているんですね。しかし、aptでインストールされるFastTreeの実行ファイル名はfasttreeです。どうやら大文字小文字の微妙な違いがエラーを引き起こしているようです。

fasttreeのファイル名を書き換えた際の影響が分からなかったので、とりあえずパスの通っているディレクトリに、fasttreeへのシンボリックリンクをFastTreeという名前で作成して対処することにしました。

$ which fasttree
/usr/bin/fasttree
$ ln -s /usr/bin/fasttree ~/bin/FastTree

上のコマンドを実行した後、今度はエラーなくOrthoFinderを実行することができました。

まあ、そもそも系統樹作成プログラムを選ぶこともできるので、FastTreeを使用しなければエラーに出くわすこともないのですが、少しでも参考になれば幸いです。

お読みいただきありがとうございました。

バイオインフォマティクス関連書籍